- 1989.07. 01. 유명산 자연휴양림 등 3개소 개장
- 1990.01. 13. 자연휴양림 제도 법적 근거 마련(구 산림법)
- 2005.01. 01. 국립자연휴양림관리소 신설
- 2006.01. 01. 책임운영기관 지정
- 2011.03. 08. 책임운영기관 사무성격 변경(기업형 → 시설관리형)
- 2013.09. 26. 직제 개정(3과 → 2과, 4개 지역팀)
- 2022.12. 29. 직제 개정(2과, 4개 지역팀 → 3과, 45개 휴양림팀)
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